在职人员以研究生毕业同等学力申请硕士学位过程分两阶段：研究生课程进修班学习阶段和硕士学位申请阶段。
一、研究生课程进修班学习阶段
学员入学后首先完成学籍注册（学制8年）。在职人员以研究生毕业同等学力申请硕士学位学籍注册分为两类：科学学位和专业学位。已经取得《住院医师规范化培训第一阶段合格证》的学员可自愿申请攻读专业学位硕士，并注册相应学籍；否则只能申请科学学位硕士，并注册相应学籍。学员应将详细的通讯方式（工作单位，通讯地址，家庭、科室、个人电话等）按要求上报学校，否则耽误办理学位申请手续后果自负。
研究生课程进修班学习阶段一般要求学员半脱产学习一年，修满规定的学分（26～2 8学分）。研究生进修班开设的课程都是在校研究生培养计划所规定的课程，考勤及考试制度也等同于在校全日制硕士研究生。课程分学位课程和非学位课程（选修课）两种类型，考试成绩60分以上为合格。不合格的课程必须补考或重修，并缴纳相应的补考费或重修费。
学员修满规定的学分，即可完成研究生课程进修班学习。经审查合格后由医学院研究生办公室颁发《青岛大学研究生课程进修班结业证书》。
需参加全国统考的学员及时登录中国学位与研究生教育信息网（http://www.chinadegrees.cn），在职硕士栏目下同等学力申硕页面进行注册并填报个人基本信息和上传电子照片，以便进行指纹信息采集工作。考试时间为每年5月底。若学员通过了相应的全国统考科目且研究生课程全部合格，应于当年9月份及时登录“青岛大学医学院研究生网”查看“同等学力人员办理学位注册的通知”，按时办理学位注册手续。
二、硕士学位申请阶段
学员获得学士学位满三年，通过研究生课程进修班所有课程考试并取得规定学分，且通过相应的全国外语和（或）综合统一考试后，方可进入硕士学位申请阶段。学位申请程序如下：
1、 学位注册：每年9月中旬，医学院研究生办公室统一办理学位注册（外地班由教学点医院科教科统一组织）。符合条件的学员名单届时将公布在“青岛大学医学院研究生网”的“同等学力人员办理学位注册的通知”中，学员须按通知要求按时上交注册材料：《青岛大学同等学力申请硕士学位论文阶段注册登记表》（在青岛大学医学院研究生教育栏目，学籍学位处下载）一式三份（签署单位、导师和学科意见后注册始生效）。医学院研究生办公室同时接受科学学位转专业学位学籍申请，学员届时须已获得《住院医师规范化培训第一阶段合格证》，与每年8月底登录“青岛大学医学院研究生教育”查看相关通知，并按时办理手续，一般每年9月5日前办理。
2、 分配导师：每年9月中旬，医学院研究生办公室安排各学科点开展导师分配工作（双向选择，学科统一安排），同时标志学员正式进入学科点（教研室）。学员应根据当年通知要求，在规定期限内尽早主动与学科联系，并应及时向学科交纳肆仟元课题经费，服从学科及导师的安排统一开展课题。学员可登录“青岛大学研究生处”网站查看“导师风采”栏目提前了解各学科导师信息。
3、 开题：学员在9月中旬分配导师后，应及时与导师联系，确定研究方向和课题名称，查询资料和进行预实验。11月中旬，医研办发布开题报告通知，学员在学科和导师的安排下进行开题答辩，每年12月27日前以学科为单位上交如下材料：①《青岛大学硕士学位论文开题报告》（一式两份，书面版+电子版）②综述（一份，不少于8000字，书面版+电子版）③开题幻灯（电子版）。开题报告和综述的模板可联系各学科教学秘书获取）。
4、 专业考核：专业考核与开题报告同一时间段举行。专业课（5学分）和专业外语（1学分）的学习和考核由学科统一组织命题考核，不允许单考，成绩单（学科负责人签字、盖章）和试卷与开题报告一起上交。
5、 中期筛选：开题一学期后（一般为6月底）进行中期筛选。《中期筛选表》每年7月7号前由学科统一上交（书面版和电子版，模板在各科教学秘书处）。
6、 发表文章著作：科学学位硕士申请者要求在学期间在正式刊物上至少以第一作者且青岛大学为第一作者单位在正式刊物上发表1篇与本人研究方向相关的学术论文。本学科研究生培养方案中相关规定高于此项要求的，按培养方案规定要求执行。文献综述和论文摘要不计其内。提前申请学位论文答辩者要求在上述条件基础上增加一篇。专业硕士学位申请者一般不要求发表文章，学科对专业硕士学位申请者高于此要求的须按照学科要求发表文章。
7、 临床能力考核： 申请专业学位的学员在申请学位前需通过临床能力考核，考核一般安排在每年11月份，每年一次，未通过者不能申请学位。
8、 申请硕士学位：开题满一年的学员方可提出学位申请。学员须在答辩前3个月（每年3月初和9月初）正式提出申请，届时须完成硕士学位论文，同发表文章的原件、复印件和实验记录本一起交至学科点（教研室），由学科点（教研室）和研究生办公室审核后确定申请学位人员名单，并参加论文盲评抽检。抽检到的人员由青岛大学学位办组织论文盲评，盲评时有一位评阅人评分不到75分者，学位申请人本次申请无效。未盲评抽检的学员须参加由医学院研究生办公室组织学科点（教研室）统一进行的学位论文评阅，论文评阅中若有一位评阅人的评语属于否定，学位申请人本次申请无效。论文评阅人要求至少三位，必须全部是外单位相应专业副高以上专家（外单位是指本校和申请人工作单位以外，详见当年大学规定）。论文评阅人应是责任心强，学风正派，在这一学科领域学术造诣较深，近年来在科学研究中颇有成绩的副高以上专家。论文评阅工作应在答辩工作开始前结束，评阅工作将逐步实现“双盲”。
评阅科学学位硕士学位论文参考以下几方面进行：
①究成果的理论意义和使用价值，有创新的明确指出创新之处；②论据是否充分、可靠；
③掌握基础理论、专门知识、研究方法和技能的水平；④论文写作水平；⑤指出该论文的不足之处。
临床医学硕士专业学位论文的要求：
①学位论文可以是病历分析报告或文献综述； ②学位论文应紧密结合临床实际，以总结临床实践经验为主；③学位论文应表明申请人已经掌握临床科学研究的基本方法。
评阅人应对论文是否达到与申请学位相应的学术水平以及可否提交答辩提出明确意见。评阅意见最迟应于答辩前十天送交研究生办公室。
9、论文答辩：论文答辩每年组织两次，上半年答辩时间为每年5月底～6月初，下半年答辩时间为每年11月底～12月初。所有学员答辩前必须参加青岛大学学位办组织的盲评抽检，盲评与论文评阅通过后，方可参加论文答辩。硕士学位论文答辩会一般由五名教授、副教授或相当职称的专家组成，委员中应至少有一名是外单位的专家。答辩委员会设秘书一人（讲师或讲师以上职称）。硕士论文答辩委员会成员名单由学科点推荐，研究生办公室和院学位评定分委员会审查批准。参加答辩研究生的指导教师不得成为答辩委员会成员，但在答辩时可以列席，在讨论表决及形成决议时即应离席回避。
若论文答辩未通过，本次申请无效。若论文答辩虽未通过，但论文答辩委员会建议修改论文后再重新答辩者，可在半年后至一年内重新答辩一次，答辩仍未通过或逾期未申请者，本次学位申请无效。
10、授予学位：申请人通过同等学力水平认定，经院学位评定分委员会同意，报校学位评定委员会批准，授予硕士学位并颁发学位证书，时间一般为每年7月初和1月初。